Vaikuttaa olevan monia syitä sille, että toiminnallisia oireita ilmaantuu, ja nämä syyt vaihtelevat hyvin paljon eri henkilöiden kesken. Yksilöllinen herkkyys toiminnallisten häiriöiden kehittymiselle vaihtelee paljon. Toiminnallisia oireita esiintyy kaikenikäisillä mutta suurin esiintyvyys on työikäisillä. Toiminnalliset oireet ovat naisilla tavallisempia kuin miehillä.

Syyt toiminnallisten häiriöiden kehittymiselle voidaan jakaa altistavin, laukaiseviin ja ylläpitäviin tekijöihin. Kaikissa näissä voi olla biologisia, psykologisia ja sosiaalisia tekijöitä. Alla esitetyt esimerkit eivät koske kaikkia, joilla on toiminnallisia oireita.

Altistavat tekijät jotka herkistävät keskushermostoa

Esimerkiksi perinnölliset tekijät, rasittavat elämäntapahtumat, sairaudet, tietyt luonteenpiirteet.

Laukaisevat tekijät jotka horjuttavat elimistön epätasapainoon ja myötävaikuttavat oireisiin silloin, kun ne alkavat. 

Esimerkiksi erilaiset sisäiset ja ulkoiset rasitukset, kuten infektio, vamma, tapaturma tai äärimmäinen stressi. Myös kielteiset elämäntapahtumat kuten läheisen vakava sairastuminen tai ero voivat toimia laukaisevina tekijöinä.

Ylläpitävät tekijät jotka saavat oireet jatkumaan tai pahenemaan.

Esimerkiksi haittaavien oireiden jatkuminen, eikä niihin saa apua ja epätoivo/-tietoisuus, menevätkö ne koskaan ohi. Myös fyysinen tai psyykkinen sairaus, tilanteesta masentuminen tai ahdistuminen, kielteiset odotukset tai toistuvat lääketieteelliset tutkimukset ja hoidot voivat toimia ylläpitävinä tekijöinä.